根管治疗是牙髓病和根尖周病的常用治疗方法，患者在进行第三次治疗时，疼痛感受因个体情况和治疗阶段而异。一般来说，可能会有以下几种情况：

如果前两次治疗已经成功降低了牙髓腔内的压力并去除了感染源，第三次治疗通常涉及根管的填充和封闭，这一过程可能只会引起轻微的不适或根本无痛。现代牙科技术的不断进步，使得根管治疗过程中的疼痛感大大减少。若患者在治疗期间出现并发症，如根管内残留感染物或根尖周围组织炎症未完全消退，第三次治疗时可能会感到疼痛。这时，医生会采取相应的措施，如增加冲洗和消毒的次数，以确保治疗效果。

个人对疼痛的耐受度也会影响感受。有些人对疼痛较为敏感，即使在正常的治疗过程中也可能感到不适。对于这类患者，医生通常会提供必要的镇痛措施，以确保治疗的顺利进行。

总的来说，根管治疗第三次是否疼痛，取决于患者的个体情况、治疗进展以及是否出现并发症。患者在治疗过程中应积极配合医生，按时复诊，并遵医嘱用药。如有任何不适，应及时就医咨询，以确保治疗的安全和有效。