早上起来嘴巴臭可能与口腔本身的疾病有关，也可能与口腔相连的呼吸道、消化道的疾病有关，也可能是全身系统疾病在口腔的反应等。

1、口腔本身病变：

如果存在龋坏、牙髓炎、牙龈炎、牙周炎等，就会导致口腔出现早上起来嘴巴臭，口气比较明显的感觉。

2、呼吸系统病变：

口腔通过咽部与气管和食管相通，部分慢性呼吸系统疾病的患者，比如慢性支气管炎、支气管扩张的患者，也可能就会导致早上起来嘴巴臭。

3、消化系统病变：

由于消化道与口腔也相通，如果患有慢性胃炎、消化不良，可能就会导致口腔中出现早上起来嘴巴臭的感觉，慢性胃炎合并幽门螺杆菌感染的患者，可能早上起来嘴巴臭相对会更明显。

4、全身系统性病变：

部分系统性疾病可能在口腔局部也会有反应，比如累及到腺体的系统性疾病，可能会导致早上起来嘴巴臭。