黑眼球上出现透明小点并感到磨眼睛，可能的原因有多种，主要包括角膜炎、角膜异物和角膜溃疡等。

角膜炎是一种常见的眼部疾病，通常由细菌感染或眼部外伤引发。角膜炎会导致黑眼球上出现透明小点，并伴有虹膜充血等症状。治疗角膜炎，可以根据医生的建议，使用酮康唑片、氟康唑胶囊等抗炎药物。

角膜异物也是导致黑眼球上出现透明小点的一个常见原因。空气中的灰尘、小昆虫等物质可能会进入眼睛，造成磨眼睛的感觉。如果异物较小，一般可以通过流泪等方式自然排出；如果异物较大，则需要及时就医，由专业医生进行剔除。

角膜溃疡也可能引发黑眼球上的透明小点。这种情况通常伴有眼睛疼痛、怕光、流泪等症状，需要及时在医院进行治疗，以防视力受到严重影响。

除了上述原因，还有结膜结石等可能性。这些都需要通过专业的眼部检查来确定具体原因，并根据医生的建议进行针对性治疗。

在治疗期间，患者应减少看电子产品的时间，以减轻眼部疲劳；出门时佩戴好眼镜，以保护眼睛免受灰尘和小昆虫等物质的侵害。同时，定期进行眼部检查也是预防眼部疾病的重要措施。