治疗口腔菌群失调一般没有最好的药，这种说法没有临床依据，需要根据具体的病因选择正确的方法治疗。口腔菌群失调可能是因为长期使用漱口水或者滥用抗生素类的药物导致的。
1、长期使用漱口水：漱口水一般具有消炎杀菌的作用，在日常生活中大部分人会使用漱口水漱口，但是长期使用可能会影响口腔内的菌群，导致口腔菌群失调。需要立即停用漱口水，一般是可以恢复正常的，如果口腔菌群失调比较严重，可以在医生指导下服用阿莫西林胶囊或者罗红霉素片治疗。
2、滥用抗生素：抗生素是一种临床上广泛应用的药物，如果患者长期使用广谱抗生素，比如四环素类、青霉素类等，可能会抑制或者杀死正常菌或者敏感菌，导致了耐药菌大量繁殖，从而造成了口腔菌群失调的情况。出现这种情况要立即停用抗生素，可以使用碳酸氢钠溶液漱口或者擦洗口腔，能够改善症状。
在日常生活中一定要保持口腔卫生，可以吃一些新鲜的水果和蔬菜，比如苹果、胡萝卜等。