川崎病手脚疼痛属于关节并发症之一，川崎病还会引起关节炎或关节痛，发病两星期内出现关节痛或者关节炎，有文献报告甚至症状可以持续打到四个月之久，常发生于急性期和亚急性期大小关节均可受累，约见于20%的病例随病情好转而痊愈，甚至会引起神经系统的改变。

由于血管炎在急性期本病可引起无菌性脑脊髓膜炎、面神经麻痹、听力丧失，急性脑病和高热惊厥等等，临床比较多见，恢复比较快，预后良好，过后部分患儿颅内压高，表现为前颅隆起，少数患儿颈项强直，可有嗜睡、双眼凝视、昏迷等意识障碍，临床症状多在数日内消失，恢复期则引起的肢体瘫痪，遗留后遗症但较为少见。