一、内分泌因素。部分病例雄激素受体和5α还原酶缺陷，也有发现在人绒毛膜促性腺激素刺激后，尿道下裂患者的雄激素增高反应明显低于正常对照组人群，提示尿道下裂患者的下丘脑-垂体-性腺轴不正常。

二、环境因素。有研究发现，在妊娠早期用过黄体酮保胎的新生儿中尿道下裂的发生率较高。同时有研究表明，尿道下裂患者的雌二醇和雌酮的水平增加。

三、染色体异常。在尿道下裂患者中的染色体畸形，畸变率较正常人群有明显的增高。其中包括常染色体畸变及性染色体畸变。

四、基因突变。发现尿道下裂患者可存在雄激素受体基因、性别决定基因、5α还原酶基因、抗苗勒管激素基因、CYP21B基因的突变。