原因到目前为止尚不是十分的清楚。各种致病原因均可以引起。例如引起的胚胎发育的异常，即可以导致尿道融合的异常，产生尿道下裂，尤其是在先兆流产，早产低体重儿当中，尿道下裂的发病率较高。原因就是可能以配台未发育完全，生产有很大的关系。尿道下裂也有一定的遗传因素。

临床上发现大约20%左右的尿道下裂的患儿均具有家族遗传类似的疾病。而且，激素和环境对胚胎的发育也有一定影响，也可以导致尿道下裂的发生。还有就是母亲在怀孕期间接触了异常的激素或者一些放射线。可以导致胎儿的畸形出现尿道下裂，以至于出现一些并发症。