对于先天性巨结肠的病例，由于病变处肠管处于持续痉挛状态，而导致近端肠管内粪便积聚，所以有时需要通过洗肠来进行处理。

洗肠的目的是通过生理盐水，清除肠腔内积存的粪便，并且改善近端肠管的炎症，使扩张肠管得以恢复。使用的灌肠的药物，是温生理盐水。在进行洗肠的时候，让孩子平卧在床上，暴露肛门，然后用肛管从肛门处插入肠管中，经肛管注入温生理盐水，然后进行腹部的轻柔按摩，拔除肛管，可以让孩子排便。洗肠每日可以进行1-2次，如果孩子的便秘非常严重，也可以适量增加洗肠次数。