新生儿肝炎与胆道闭锁的鉴别比较困难，二者在发病原因上存在不同的观点。

一元论认为，胆管闭锁与新生儿肝炎同属一种病原，可能是肝炎的不同过程，闭锁为严重的结果；二元论认为肝炎主要是由各种病毒感染、药物以及遗传代谢所导致的闭锁式发育障碍。由于以往在死胎的病理解剖报道上从未发现胆管闭锁情况，而且胆管闭锁的病因确实也有过大便颜色先黄色后白色。所以，胆管闭锁又有出生后形成的说法。

先天性胆管闭锁与新生儿肝炎临床表现非常相似，早期诊断十分困难，往往有鉴别诊断的过程中使胆管闭锁患儿丧失手术良机，故早期鉴别诊断十分重要。绝大多数的新生儿肝炎患者临床表现主要以功能损害为主，血清未结合胆红素和结合胆红素均升高，但以前者为主。

手术会增加肝脏的损害，术后黄疸会加重，增加治疗的难度。因此，此类患儿不宜进行手术治疗。但有小部分患儿临床上以阻塞性黄疸为主，大便呈陶土色或者淡黄色，皮肤黏膜呈暗绿色，血清未结合胆红素和结合胆红素均升高，且后者的升高程度高于前者。患儿经过超长时间的保守治疗，仍然效果不佳，仍难与先天性胆管闭锁鉴别者，则应该考虑外科手术。