先天性巨结肠手术方案的选择目前最主要有以下两种：

1.是巨结肠根治术，目前最常采用的是经肛巨结肠根治术，也就是不用开腹，经过肛门，将病变的肠管切除，好处是腹部没有伤口，孩子恢复快，并发症少，住院疗程短孩子的生活质量都明显的提高。另外一种是腹腔镜巨结肠根治术，具体手术方案的选择要根据孩子巨结肠的病变部位，严重程度来选择。

2.种巨结肠手术方案是结肠造瘘术。结肠造瘘术在我国国内一般适用于病情危重，高度肠梗阻或者是有肠坏死，状况恶劣，为了抢救生命的时候来做结肠造瘘术。但是在国外学者一般是主张确诊之后立刻行造瘘术。

目前我们的观点是，如果梗阻时间长，扩张的肠段已经波及到了升结肠，或者是回盲部，这种孩子我们一般先行一个结肠造瘘术，部分扩张的结肠基本恢复正常，减少结肠的切除范围，等到时机成熟之后，再来做一个根治手术。这种结肠造瘘术的好处就是可以避免患儿术后的营养不良，发育障碍，同时结肠切除的范围也比较小。