肛门内部摸到凸起的硬疙瘩并伴有疼痛，可能的原因有多种，包括痔疮、肛周脓肿、肛瘘等常见肛肠疾病。这些病症的发生往往与患者的生活习惯、饮食习惯以及个人卫生状况密切相关。

痔疮是肛门疾病中最常见的一种，久坐、局部血液不循环等因素都可能导致其发生。痔疮患者肛门内可能出现异常肿物，伴有疼痛、瘙痒等症状。治疗痔疮，可以考虑使用马应龙麝香痔疮膏等药物，以缓解症状。

肛周脓肿通常由于长期便秘或摄入不洁食物引发，表现为肛周部位的红肿、疼痛和脓性肿物。针对肛周脓肿，医生建议可能会包括阿莫西林胶囊、盐酸莫西沙星片等抗生素药物来控制感染。

肛瘘多由肛门受损或感染导致，症状包括肛门流脓、周边肿块等。治疗肛瘘，可能需要采用赛霉安乳膏、康复新液等药物，或者在医生指导下进行手术治疗。

除了上述疾病，肛门内的硬疙瘩疼痛还可能与血栓性外痔、肛乳头肥大等其他肛肠问题有关。因此，患者在发现这类症状时，应及时就医，通过专业检查确定具体病因。

在治疗过程中，患者应遵医嘱用药，避免自行购药使用，以免药不对症延误病情。同时，保持良好的生活习惯和饮食卫生，减少久坐，增加运动，有助于预防和减轻肛肠疾病的发生。如遇症状持续不减或加重，应立即就医，寻求专业医生的帮助。