胃肠道间质瘤5mm是需要手术的，胃肠道间质瘤属于恶性肿瘤范畴，虽然5mm大的胃肠道间质瘤属于极低风险，但随病情进展风险等级会逐渐增加，最好是及早手术治疗以绝后患。

5mm的胃肠道间质瘤要及时去正规的医院治疗，可以选在内镜下或腹腔镜下切除，这两种手术都具有损伤小、恢复快等特点，术后要定期做腹部CT等检查。