下颌瞬目综合征是一种相对少见的先天性眼部异常，主要由于胚胎发育异常、神经连接错误、遗传因素等原因。

1、胚胎发育异常：在胚胎发育早期，神经嵴细胞的迁移与分化过程若出现异常，可能导致三叉神经与动眼神经之间形成不正常的神经冲动传递，这是引发下颌瞬目综合征的重要原因之一。

2、神经连接错误：在个体发育过程中，神经纤维的连接可能发生错配，使得控制下颌运动的神经冲动能够错误地传导至控制眼睑的神经，进而产生联动现象。

3、遗传因素：遗传因素也可能在部分病例中发挥作用。尽管具体的遗传模式尚不完全清晰，但相关基因的突变或异常表达已被认为可能影响神经的正常发育，从而增加患病风险。

发育过程中的外界干扰如母体疾病、药物影响或环境因素等，也可能对神经系统的正常发育造成干扰，进而增加下颌瞬目综合征的发病概率。