睡醒后感到背肩胛骨疼痛可能由多种因素引起，主要包括睡姿不当、急性肩背部筋膜炎、肩周炎以及颈椎病等。

1、睡姿不当

是导致肩胛骨疼痛的常见原因。夜间睡觉时，如果姿势不对或枕头高低不合适，可能会导致肩胛骨处肌肉受压，长时间下来便可能引起肌肉痉挛，从而产生疼痛。

2、急性肩背部筋膜炎

也是一个重要原因。这通常发生在夜间肩背部受凉之后，肩关节周围的肌肉可能会发生急性的无菌性炎症，导致肩胛骨突然特别疼痛，并可能影响肩关节的活动。

3、肩周炎

如果肩周软组织既往有肩周炎病史，睡觉时长期侧卧可能会导致一侧肩关节长期受压，引起肩胛骨处肌肉紧张，进而产生疼痛。

4、颈椎病

也可能引发肩胛骨疼痛。夜间睡眠时，如果枕头过高，可能诱发颈椎病的急性发作，如神经根型颈椎病，这会导致颈部及肩胛骨疼痛难忍。

除了上述原因，其他脏器疾病如胆囊炎或心绞痛等，也可能通过内脏神经反射导致肩胛骨疼痛。