拔双J管三个月后仍然出现腰疼的情况，可能有多种原因。双J管通常用于泌尿系统手术后的引流，拔除后一般会在短时间内恢复正常，但有时可能会出现延迟愈合或其他并发症。

拔双J管后腰疼可能是由于手术部位的炎症或感染引起的。手术后，组织需要时间愈合，如果愈合过程中出现感染或炎症，可能会导致持续的疼痛。此外，泌尿系统的其他疾病，如肾结石、肾盂肾炎等，也可能引起腰疼。如果患者在拔管前有这些疾病，拔管后症状可能会持续或加重。

如果腰疼持续时间较长，建议尽快就医进行检查。医生会根据患者的具体情况进行详细的诊断，可能需要进行影像学检查（如CT、MRI）以确定病因。如果是感染引起的，可能需要使用抗生素进行治疗；如果是结石或其他疾病引起的，可能需要进行相应的治疗，如手术取石等。同时，患者应注意休息，避免过度劳累，保持良好的生活习惯，以促进恢复。