男性阴囊根部尿道痒可能由多种因素导致，常见原因包括神经性瘙痒、过敏反应、湿疹以及泌尿生殖系统感染等。

神经性瘙痒多与神经系统功能异常有关，表现为无明显皮肤病变的瘙痒感。过敏反应则通常由接触过敏原引起，如某些化学物质或食物，可能导致皮肤瘙痒红肿。湿疹则是一种常见的皮肤病，表现为皮肤红肿、瘙痒，并可能伴有疹子。

在泌尿生殖系统方面，尿道感染是导致阴囊根部尿道痒的常见原因之一，可能由细菌、支原体等病原体引起。此外，慢性前列腺炎也可能引发类似症状。

在治疗上，针对神经性瘙痒，可考虑使用调节神经功能的药物，如甲钴胺等。对于过敏反应，可使用抗过敏药物，如氯雷他定进行缓解。湿疹治疗则常采用外用抗炎药膏，如地奈德乳膏。若为泌尿生殖系统感染，则需根据具体病原体选择合适的抗生素，如左氧氟沙星等。

患者在出现阴囊根部尿道痒的症状时，应及时就医，遵医嘱进行科学治疗。