治疗肛裂的药物应涂抹在裂口处，即肛门内部，以达到最佳治疗效果。

肛裂的本质是肛管组织的裂开，形成小溃疡，这些裂口多位于肛门内部。因此，将药物直接涂抹在裂口上，能够更有效地促进伤口的愈合，缓解疼痛和便血症状。常见的涂抹药物如利多卡因凝胶、硝酸甘油软膏等，它们可以减轻疼痛，而痔疮膏、重组人表皮生长因子等则有助于裂口愈合。但需注意，药物治疗应在专业医师的指导下进行，避免不当使用。

其次，涂抹药物时需要注意方法和卫生。患者应遵循医嘱，在清洁肛门后，轻轻地将药物涂抹在裂口处。避免用力过大，以免加重伤口。同时，保持肛门部位的清洁干燥，有助于药物的吸收和伤口的愈合。

此外，除了药物治疗，肛裂患者还应注意生活方式的调整。多吃富含膳食纤维的食物，保持大便通畅，避免便秘对伤口造成二次伤害。同时，避免久坐久站，适当运动，以促进血液循环和肠道蠕动。

综上所述，肛裂治疗时药物应涂抹在肛门内部的裂口处。患者在用药过程中应保持清洁、注意方法，并结合生活方式的调整来辅助治疗。如遇症状加重或持续不愈，应及时就医，遵循专业医生的指导。