肛门上方骨头疼痛，可能由多种因素导致，常见的有肛周脓肿、直肠疾病以及骨科问题。

首先，肛周脓肿是肛周软组织和间隙受到细菌感染引起的疾病，常表现为局部剧烈疼痛，伴有皮肤升温，甚至发热等症状。

其次，直肠疾病如直肠炎、直肠息肉或直肠肿瘤，也可能引起肛门上方骨头区域的疼痛，这些疾病往往影响排便习惯，并可能伴有便血等症状。

最后，骨科问题如尾骨筋膜炎、骶尾韧带损伤，通常与久坐、劳累或外伤有关，表现为局部酸痛或胀痛。

在治疗方面，需根据具体原因采取相应的措施。如肛周脓肿可能需要引流手术和抗生素治疗；直肠疾病可能需要药物治疗或手术切除；而骨科问题则可能需要休息、物理治疗或镇痛治疗。

请注意，以上内容仅供参考，并不构成专业医疗建议。如有相关症状，请及时就医，遵循医嘱进行检查和治疗。