痔疮手术后40天进行扩肛却感到肛门疼痛，这可能是由多种因素导致的。

首先，扩肛过程中的疼痛可能是手术后的正常反应，因为手术本身会对肛管皮肤造成一定损伤，而该部位对疼痛极为敏感。

其次，如果术后伤口未能完全愈合，扩肛操作可能会引发或加剧疼痛。对于伤口未愈合的情况，可以采取物理治疗方法，如定期消毒伤口，使用温盐水坐浴以改善局部血液循环，促进伤口愈合。

最后，伤口感染也是一个不可忽视的原因，感染后扩肛往往会带来明显痛感。

在伤口感染的情况下，除了上述物理治疗外，通常还需要口服抗生素类药物，如阿莫西林胶囊、盐酸左氧氟沙星胶囊等，来控制感染，缓解炎症。

值得注意的是，每位患者的具体情况不同，因此治疗方案应个体化。在选择药物和治疗方式时，务必咨询专业医生，根据医嘱进行合理治疗。同时，保持良好的生活习惯和肛门卫生，也是预防术后感染、促进恢复的重要环节。如遇疼痛持续不减或症状加重，应及时就医，以免延误治疗。