修剪肉芽后大便是否会疼应根据具体情况，如果局部尚未完全恢复，通常会疼，如果已经完全恢复，通常不疼，一旦有不适症状，建议及时就医。

如果出现痔疮后则会因肛管或直肠下端静脉充血肿大，而引起排便时出血、肛门瘙痒、局部有肉芽等现象，此时则需要在医生操作下修剪肉芽。修剪肉芽后局部软组织短时间内不能立即恢复正常，此时排便则会因局部压力增加，而刺激局部痛觉神经，所以在排便时会疼。

但是随着时间的不断延长，局部软组织会逐渐愈合，在已经完全恢复时排大便，通常不会有不适症状，所以此时不会疼。

如果修剪肉芽后在排大便时有明显的疼痛感，可以遵医嘱应用布洛芬胶囊、对乙酰氨基酚颗粒、吲哚美辛胶囊等药物改善。在恢复期间，建议每天用医用酒精或者医用碘伏对局部进行消毒处理，这样做能一定程度上预防局部感染。此外，还需要遵循清淡、易消化的饮食原则，以免延长恢复期。