伤口长好了但内部疼痛，是许多患者在康复过程中遇到的问题。这种疼痛可能由多种因素导致，主要包括新生组织刺激、炎症感染、异物残留等。具体分析如下：

新生血管和神经的刺激是伤口内部疼痛的常见原因。在伤口愈合过程中，新生的血管和神经会长入结缔组织，这些组织的密集生长和相互挤压可能刺激神经末梢，产生疼痛感。这种疼痛通常随着组织的成熟而逐渐减轻。

炎症或感染也是导致伤口内部疼痛的重要原因。即使伤口表面已经愈合，内部仍可能存在炎症或感染灶，表现为红肿、发热或渗脓。这类情况需要及时就医，通过适当的抗炎治疗或感染控制来缓解疼痛。

伤口内异物残留或形成瘢痕组织也可能引发疼痛。在伤口愈合过程中，如果处理不当导致异物残留，或者形成较硬的瘢痕组织，都可能对周围组织产生压迫或刺激，从而引发疼痛。

最后，患者在处理伤口疼痛时，应遵医嘱用药，避免自行盲目使用止痛药或抗生素。如果疼痛持续不减或加重，应及时就医，以便专业医生进行详细的检查和诊断，制定合适的治疗方案。同时，保持良好的生活习惯和饮食结构，避免剧烈运动和刺激性食物，也有助于伤口的顺利恢复。