静脉曲张手术后三个月腿部仍然疼痛，可能的原因有多种，主要包括血栓形成、静脉炎、动脉问题以及术后感染等。

1、血栓形成是术后腿疼的常见原因之一。手术后长期卧床可能导致深静脉出现血栓，进而引发小腿疼痛。若未及时治疗，疼痛感可能持续存在。

2、静脉炎也可能导致术后腿疼。静脉曲张手术中，有时会在血管内注射泡沫硬化剂，这可能损伤血管壁，形成血栓，引发浅静脉炎，表现为腿肿、腿痛及皮肤温度升高。

3、动脉问题也是不容忽视的原因。术后偏心性的加压包扎有时可能合并动脉问题，如动脉粥样硬化或血栓闭塞性脉管炎，导致动脉缺血而疼痛。

4、术后感染同样会引起腿疼。若术后护理不当，细菌可能进入体内造成感染，导致高热、疼痛等症状。

患者在术后应密切关注症状变化，如有疼痛持续不减或其他异常情况，应立即就医并严格遵医嘱用药。静脉曲张术后的恢复需要耐心和时间，合理的休息、饮食和适当的活动也是促进康复的重要因素。