女性两边肾区隐隐作痛，可能的原因有多种，主要包括泌尿系统炎症、肾结石以及肾囊肿等。

泌尿系统炎症，如肾盂肾炎或急性肾小球肾炎，可能因炎症刺激导致肾区疼痛。这类炎症常伴有尿频、尿急等症状，治疗时通常会考虑使用盐酸左氧氟沙星胶囊、头孢克肟片等药物进行抗炎。

肾结石也是常见原因之一。当结石刺激肾组织或造成肾盂积水时，便可能引发疼痛，并伴有尿血等症状。治疗肾结石可能会采用排石颗粒等药物，或考虑体外冲击波碎石术。

再肾囊肿也可能导致肾区疼痛，特别是囊肿较大时，可能会压迫肾组织，引发痛感及血尿。

除了上述原因，女性两边肾隐隐作痛还可能与高血压肾病、糖尿病肾病等继发性肾病有关，或受不良生活习惯影响导致肌肉劳损。

女性两边肾隐隐作痛，应及时就医检查，明确原因后，在医生指导下进行针对性治疗。同时，保持良好的生活习惯，积极预防泌尿系统疾病的发生。