丙硫氧嘧啶和甲巯咪唑是治疗甲状腺功能亢进症（甲亢）的常用药物，二者虽作用机制相似，但在剂型、生物利用度、半衰期及禁忌等方面存在显著差异。

首先，丙硫氧嘧啶常见剂型为片剂和肠溶片，而甲巯咪唑则有片剂和乳膏等多种剂型。其次，在生物利用度上，甲巯咪唑主要由肠道吸收，利用率较高；丙硫氧嘧啶则多在肝脏代谢，利用率相对较低。再者，甲巯咪唑的半衰期大约三小时，长于丙硫氧嘧啶的两小时左右。最后，对两种药物过敏的患者需分别避免使用。

在实际应用中，甲巯咪唑的治疗效果在某些方面优于丙硫氧嘧啶，如逆转甲亢患者的血清脂质过氧化活性异常等。然而，丙硫氧嘧啶在某些特定情况下，如甲亢危象的治疗中，仍具有不可替代的作用。

需要注意的是，虽然这两种药物都是治疗甲亢的有效手段，但患者应根据自身情况和医生建议选择合适的药物。同时，用药过程中应定期监测相关指标，以确保用药的安全性和有效性。如有任何疑问或不适，应及时就医咨询。