支原体感染患者在服用阿奇霉素3天后咳嗽加重，可能原因多样，包括用药不当、病情严重、药物不对症及产生耐药等。

1、用药不当

可能导致治疗效果不佳。患者应严格遵循医嘱，按时按量服药，避免私自增减剂量或更改用药方式。

2、病情严重

也会影响药物疗效。若支原体感染较为严重，可能需要更长时间的治疗周期。在此期间，患者应耐心配合，并注意观察病情变化。

3、药物不对症

是另一个可能原因。阿奇霉素虽为广谱抗生素，但并非对所有患者均有效。若症状无改善，医生可能会考虑更换其他抗生素，如盐酸左氧氟沙星胶囊或头孢克肟分散片等。

4、产生耐药

耐药问题也不容忽视。长期或不当使用抗生素可能导致支原体对其产生耐药性。此时，医生会通过药敏试验选择更合适的药物。

除了上述原因，患者的饮食、护理及合并其他感染等因素也可能影响病情恢复。因此，在治疗期间，患者应保持良好的生活习惯，增强身体抵抗力。